Diplômé de l’École Centrale de Lyon ainsi que d’un master de management et de logistique de l’Essec, il s’occupe, de 2002 à 2004, de la coordination du plan de restructuration du Fret. Il devient directeur de la la gare de Paris Nord de 2005 à 2007, puis directeur de cabinet du président de SNCF en 2007. Il travaille successivement avec Anne-Marie Idrac et Guillaume Pepy. De 2008 à 2012, il est directeur des lignes D et R du RER et directeur de la région Paris Sud-Est. En 2012, Alain Krakovitch exerce les fonctions de directeur général Sécurité et Qualité de Service Ferroviaire, avant de devenir directeur de Transilien en 2014.