Emmanuelle Cortot-Boucher est diplômée de l’École polytechnique, l’École nationale de la statistique et de l’administration économique (ENSAE), l’Institut d’études politiques de Paris (IEP), et ancienne élève de l’ENA.

Elle débute sa carrière au Conseil d’État, avant de rejoindre le cabinet du ministre du Travail, des Affaires sociales, de la Famille et de la Solidarité, comme conseillère technique en charge des affaires juridiques, européennes et internationales, de 2007 à 2009.

De 2009 à 2019, elle est rapporteur public, puis réviseur à la section du contentieux du Conseil d’État, et rapporteur adjoint auprès du Conseil constitutionnel.

En septembre 2019, elle devient directrice générale de l’Agence de la biomédecine, établissement public relevant du ministère des Solidarités et de la Santé.

En 2022, elle rejoint le groupe RATP en qualité de Secrétaire Générale.

Depuis janvier 2026, elle est Secrétaire Générale du groupe SNCF.