Diplômé de l'Institut d'Études Politiques de Paris et ancien élève de l’École Nationale d’Administration, Alain Quinet occupe différents postes au sein d’administrations économiques et financières à partir de 1988. En 2002, il est nommé conseiller économique du Premier ministre et prend, en 2005, la fonction de directeur adjoint de son cabinet pour les Affaires économiques. En 2007, Alain Quinet devient inspecteur général des finances et administrateur de Réseau Ferré de France. Il est ensuite, de 2008 à 2010, directeur financier du groupe Caisse des Dépôts et président de CDC Infrastructure. En décembre 2010, Alain Quinet devient directeur général délégué de RFF puis de SNCF Réseau.

En 2020, il est nommé directeur général exécutif Stratégie et Affaire Corporate avant de devenir directeur général adjoint Régulation et Stratégie Durable en 2025.