Docteur en Géologie minière de l’École des Mines de Paris, Emmanuel Manier commence sa carrière au Laboratoire régional des Ponts et Chaussées de Rouen. Devenu expert des risques naturels et des terrassements, il rejoint en 2003 le Laboratoire Central des Ponts et Chaussées où il pilote des grands projets et programmes de recherche dans ces domaines, et réalise des expertises à l’étranger.

Il intègre la SNCF en 2008 où il prend la responsabilité d’un département technique (Géologie, Environnement, Tracé) au sein de l’Ingénierie de l’infrastructure. Il devient directeur de Région puis directeur territorial Normandie en 2013. En 2016, il est nommé directeur des Talents de SNCF Réseau : il s’occupe notamment de la politique de l’emploi et des compétences, et pilote le parcours et le développement des cadres. En 2018, il prend la direction de la Zone d’Ingénierie Sud-Est. En 2025, il est nommé directeur général adjoint Atlantique de SNCF Réseau.